29 czerwca 1940, po rozwiązaniu Komendy Głównej ZWZ na obczyźnie, z części jej składu utworzono w sztabie Naczelnego Wodza Samodzielny Wydział Krajowy, ze względów bezpieczeństwa nazywany Oddziałem VI, potem Oddziałem Specjalnym Sztabu NW. Jego podstawowym zadaniem było utrzymanie łączności radiowej i kurierskiej Naczelnego Wodza w Londynie z Komendantem Głównym Armii Krajowej w okupowanej Polsce.
Siedziba Oddziału VI mieściła się w Londynie, początkowo w Sztabie Naczelnego Wodza, tj. w hotelu Rubens. Od początku sierpnia 1943 siedziba Oddziału VI mieściła się pod adresem: 13 Upper Belgrave Street, Westminster SW1, na rogu Upper Belgrave Street i Wilton Street, nieopodal hotelu Rubens, bedącego siedzibą Sztabu Naczelnego Wodza.
Mjr dypl. Jan Jaźwiński, organizator w swoim „Dzienniku czynności Wydziału S Oddziału Specjalnego Sztabu Naczelnego Wodza i Bazy nr 11” odnotował 11 sierpnia 1943: Oddz. Spec. wyniósł się wreszcie z hot. Rubens (s. 183/192)
Oddział VI (Specjalny) Sztabu Naczelnego Wodza traktowany był jako komórka Armii Krajowej, wszyscy pracownicy oddziału składali przysięgę na rotę AK. Administrował całością funduszy przeznaczonych dla podziemnej Armii Krajowej, współpracował z pozostałymi oddziałami Sztabu NW we wszystkich zagadnieniach dotyczących AK. Wydział VI (Specjalny) współpracował z SOE, od początku całość problematyki przerzutów lotniczych (w operacjach SOE) Cichociemnych oraz zaopatrzenia dla AK organizował mjr dypl. Jan Jaźwiński.
Oddziałowi VI (Specjalnemu) podlegała cała wojskowa łączność z okupowaną Polską, w tym zrzuty sprzętu i pieniędzy oraz rekrutacja, szkolenie i zrzuty Cichociemnych dla Armii Krajowej. M.in. w sprawach szkolenia i zrzutów ściśle współpracował z polską sekcją brytyjskiego Kierownictwa Operacji Specjalnych (SOE). Łączność (57 radiostacji) Armii Krajowej w okupowanej Polsce obsługiwało 50 Cichociemnych.
Oddział VI (Specjalny) miał także m.in. obowiązek wspierania czynników cywilnych w łączności z Delegaturą Rządu na Kraj, m.in. szkolił emisariuszy i kurierów politycznych oraz przerzucał ich do Kraju z materiałami propagandowymi i pieniędzmi z budżetu cywilnego. Pośredniczył pomiędzy Komendą Główną AK, a rozgłośnią BBC przy nadawaniu haseł radiowych dla komórek i oddziałów w terenie, w tym w obozach jenieckich.
Oddział VI dysponował: Główną Bazą Przerzutową w Brindisi (komendant mjr dypl. Jan Jaźwiński), stacjami wyczekiwania dla Cichociemnych przerzucanych do Kraju, kilkunastoma ośrodkami szkolenia kandydatów na Cichociemnych w Wielkiej Brytanii i we Włoszech, bazami i placówkami łączności radiowej, ponadto nadzorował ok. 640 placówek odbiorczych (zrzutowisk, tzw. koszy) w okupowanej Polsce.
Z komórki liczącej 9 oficerów oraz 4 cywilów, do 1944 Oddział VI rozrósł się do komórki ośmiowydziałowej:
Szef (kolejno): ppłk dypl. Edward Ulanicki, od 4 maja 1942 mjr. dypl. Jan Jaźwiński, od stycznia 1944 kpt. dypl. Jan Podoski – lotnicze operacje przerzutowe, kompletowanie zasobników. Podzielony na referaty: S1 (operacyjny) oraz S2 (materiałowy).
Szef (kolejno): kpt. dypl. inż. Tadeusz Lisicki, ppłk. dypl. Tadeusz Rola, mjr dypl. Adam Szanser – bieżąca łączność radiowa z Krajem, nadzór nad szkoleniem w zakresie radiołączności, zakup i produkcja sprzetu łączności. Wydział współpracował z Oddziałem Radio Sztabu Naczelnego Wodza, Ośrodkiem Wyszkolenia w Polmont i Polskimi Wojskowymi Warsztatami Radiowymi w Stanmore (produkcja radiostacji zrzutowych, także dla SOE typu AP)
Szef (kolejno): mjr dypl. Antoni Szczerbo-Rawicz, kpt. dypl. Jan Krzyżanowski, mjr Edward Fryzendorf – łączność kurierska, bazy i placówki łączności
Szef (kolejno): mjr dypl. Marian Utnik, mjr dypl. Marian Tonn, mjr dypl. Jan Kamieński, mjr Józef Hartman, ppłk Bronisław Brągiel – rekrutacja i szkolenie kandydatów na Cichociemnych, zgodnie z zapotrzebowaniem Armii Krajowej
Szef: płk int. Franciszek Prochaska – wszystkie sprawy finansowe i gospodarcze Oddziału VI, podległych mu baz, placówek, ośrodków
Szef: mjr Józef Kwieciński – wszystkie sprawy personalne żołnierzy i pracowników cywilnych Oddziału VI, podległych mu baz, ośrodków, placówek, także Cichociemnych wysyłanych do Polski (w tym depozyty CC)
Szef: por. Stefan Jagiełło – szyfrowanie i deszyfrowanie korespondencji pomiędzy Sztabem Naczelnego Wodza i Komendą Główną AK
zef: mjr Zbigniew Sujkowski ps. Leliwa – powstał w 1944, nie odegrał żadnej roli
Szef (kolejno): mjr dypl. Władysław Dziewanowski, rtm. Andrzej Lipkowski – informacje prasowe KG AK, wysyłanie materiałów propagandowych do Kraju, akcje propagandowo – informacyjne.
Andrzej Friszke, Jerzy Poksiński – Pomiędzy Londynem a Warszawą
rozmowa z Marianem Utnikiem
w: Zeszyty Historyczne, Instytut Literacki Paryż 1994, zeszyt 108, s. 121-138
Marian Utnik – Likwidacja Oddziału VI
w: Zeszyty Historyczne, Instytut Literacki Paryż 1982, zeszyt 62, s. 201-205
Leonidas A.B. Kliszewicz – Baza w Sztokholmie
w: Zeszyty Historyczne, Instytut Literacki Paryż 1981, zeszyt 58, s. 44-175
W nocy z 15/16 lutego 1941, w operacji lotniczej Adolphus, w rejonie Skoczowa (okolice wsi Dębowiec) po raz pierwszy zrzucono Cichociemnych. Była to pierwsza operacja zrzutowa SOE w Europie, pierwszy zrzut żołnierzy alianckich na tereny okupowane przez Niemców. W okresie próbnym, który trwał do kwietnia 1942 zrzucono do Polski 48 skoczków (40 CC i 8 kurierów) oraz 2 tony zaopatrzenia, 1 541 450 dolarów, 119 400 dolarów w złocie, 1775 funtów brytyjskich, 885 000 marek niemieckich.
W kolejnym sezonie operacyjnym Intonacja, od sierpnia 1942 do kwietnia 1943, zrzucono do Kraju 119 skoczków (106 CC, 9 kurierów, 1 Węgra) oraz 49,5 ton zaopatrzenia, 13 022 000 dolarów, 5 158 000 marek, 10 000 peset oraz 700 000 „młynarek”. W sezonie operacyjnym Riposta, od sierpnia 1943 do lipca 1944, zrzucono do Polski 146 skoczków (133 CC i 10 kurierów) oraz 265 ton zaopatrzenia, 15 948 300 dolarów, 161 025 dolarów w złocie, 6 986 500 marek, 1644 funtów brytyjskich w złocie oraz 40 569 800 „młynarek”. W sezonie operacyjnym Odwet, od sierpnia do grudnia 1944, zrzucono do Kraju 38 skoczków (32 CC, 2 kurierów, 4 Anglików), 355 ton zaopatrzenia, 3 996 188 dolarów, 34 800 dolarów w złocie oraz 6 460 000 marek.
Ogółem w czterech sezonach operacyjnych od lutego 1941 do grudnia 1944 wysłano łącznie do Polski 316 Cichociemnych oraz 28 kurierów (jeden CC i jeden kurier skoczyli dwukrotnie), Węgra – radiotelegrafistę, także 4 Anglików (operacja Freston). Ponadto zrzucono 670 ton zaopatrzenia (odebrano 443 tony) oraz na potrzeby walki w Kraju 34 507 938 dolarów, 315 225 dolarów w złocie, 1775 funtów brytyjskich, 1644 funtów brytyjskich w złocie, 19 489 500 marek, 10 000 peset, 41 269 800 „młynarek” (okupacyjna waluta, emitowana na terenie Generalnego Gubernatorstwa).